Rolnictwo ekologiczne w Estonii charakteryzował w minionych latach bardzo szybki rozwój. Ten położony najbardziej na północ kraj nadbałtycki, który za czasów istnienia Związku Radzieckiego specjalizował się głównie w produkcji mięsa i mleka, posiada największą po Czechach powierzchnię obszarów ekologicznych w Europie Środkowej i Wschodniej. Godnym uwagi jest fakt, że aż 6% obszarów rolniczych, tj. 58.000 ha (włączając w to gospodarstwa będące w fazie przestawiania produkcji) jest aktualnie zagospodarowanych ekologicznie. Łącznie zagospodarowanych jest 850.000 ha obszarów rolniczych, które korzystają z dotacji państwowych, natomiast 300.000 - 500.000 ha leży odłogiem.

O ile w roku 1999 istniało zaledwie 89 gospodarstw ekologicznych o łącznej powierzchni 4.000 ha, to dzisiaj funkcjonuje ich 1.013. Przeciętna wielkość gospodarstwa rolnego wynosi 58 ha.